Постановлением Верховного Совета Российской Федерации от 02.04.1992 № 2642-I «Об избрании председателей ряда краевых и областных арбитражных судов Российской Федерации» председателем Краснодарского краевого арбитражного суда назначен Журавский Альберт Константинович (с 1984 года возглавлявший Государственный арбитраж Краснодарского края).

Постановлением Верховного Совета Российской Федерации от 11.06.1992 № 2957-I «Об избрании Краснодарского краевого арбитражного суда» из числа государственных арбитров Государственного арбитража Краснодарского края были избраны первые 16 судей.

В период с 2003 года по 2009 год Арбитражный суд Краснодарского края возглавлял кандидат юридических наук Григорий Анатольевич Мантул, в настоящее время - председатель Арбитражного суда Северо-Кавказского округа.

Примечательно, что Арбитражный суд Краснодарского края является кадровой базой Арбитражного суда Северо-Кавказского округа. В настоящее время в окружном суде из 37 судей 16 свою судебную деятельность начали в краевом арбитражном суде.

С января 2010 года Арбитражный суд Краснодарского края возглавляет кандидат юридических наук, заслуженный юрист Российской Федерации, почетный работник судебной системы Российской Федерации Владимир Александрович Белов.